幽门螺杆菌cagA基因3 端多态性分析及其临床意义

    1  材料与方法

    1.1  材料  网络数据库CagA基因碱基、蛋白质氨基酸序列及背景资料来源：以“Helicobacter pylori AND CagA（Gene Name）”为关键词，检索ＮＣＢＩ的核酸和蛋白数据库。

    1.2  方法

    1.2.1  序列的选择  （1）重复提交的菌株序列经比对后选择其中一条，排除重复序列提交和存在提交错误的序列。（2）H.pylori cagA基因、蛋白质氨基酸全序列。（3）保存已知疾病、地域特征的cagA基因3’端碱基、氨基酸序列；考虑到临床疾病具有年龄差异，幽门螺杆菌存在东西方地域差异，为排除这些因素的影响，根据年龄（成年）、地域（东亚）匹配条件筛选出符合条件的序列。

    1.2.2  序列分析  网络数据库筛选出的cagA基因3’端氨基酸序列运用Vector NTI advance 10 软件进行多重序列比对，分析其序列特征以及和临床疾病的相关性。

    1.2.3  统计学处理  实验结果采用χ2 检验、Fisher’s精确概率法进行统计学处理。所有计算由SPSS 11.5软件完成。P＜0.05认为差异有统计学意义。

    2  结果

    2.1  序列检索结果  共检索到845条序列，其中95条全序列，其中J99提交了三次（GeneBank接受号AE001439，AE001483，NC000921），ATCC43526（GeneBank接受号AB015413，AF001357，AB003397）其中AF001357和AB003397序列完全一样，为同一作者重复提交，AB015413为另一作者提交，序列与另外两条有26个碱基不同；NCTC11637检索到三条序列（GeneBank接受号AB015416和AF202973）其中AB015416序列与NCTC11638序列完全相同，可能是提交时菌株号写错。排除重复提交和错误序列，检索到部分序列750条，其中3’端序列387株，5’端序列363株。在91条全序列和 387条3’端序列中已知疾病背景菌株共有256株，其中慢性胃炎76株，消化性溃疡124株，胃癌56株。

    2.2  cagA基因3’端的多态性及其临床意义  cagA全长序列和3’端部分序列内存在大量碱基的插入、缺失、替换和重复。cagA基因5’端相对保守，差别是由于替换、缺失和小的插入造成。其3’端序列由于存在多种重复序列，序列之间差异更加明显。cagA全长氨基酸序列之间相同氨基酸百分比为27%，相似性较低，除存在大量氨基酸的大片段插入、缺失、替换外，主要是由于cagA基因3’端可变区存在多种重复序列。分析表明cagA基因3’端重复序列的可分为六种，C1：EPIYA 所有菌株共有，至少重复三次；C2：Q/KVNKKKTEQVASPE；C3：可分为两种类型，东亚型C3东（QVAKKVSAKIDQLNEASTS）和西方型C3西（QVAKKVNAKIDRLNQIASGLGNVGQAAG）；C4：也可分为两种类型，东亚型C4东（AINRKIDRLNKIASAGKGVGGFSAG）和西方型C4（FPLKRHDKVDDLSKVG），C4西为西方菌株共有，至少重复两次；C5：RSASP/RSVSP；C6：可分为两种类型，东亚型C6东（TIDFDEANQAG）和西方型C6西（TIDDLGGP）。C4东/C4西-C5-C1-C6东/C6西即相当于ESS/WSS，即东亚型/西方型的CagA酪氨酸磷酸化后与SHP-2结合并刺激其磷酸酶活性的位点EPIYA-C/D。根据重复序列的不同，可将cagA基因3’端氨基酸序列分为两种类型：东亚型和西方型。两种类型分别具有其特有的C3、C4、C6。大部分（85.15%）cagA基因3’端氨基酸序列基本结构为C1

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