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普通PCR与TD PCR在临床医学科研中应用价值的比较

,任何不同的变性温度与不同的复性温度之间循环,能得到2倍增高的正确或不正确的产物,在随后的退火温度继续下降的过程中,上述的延伸合成会继续进行。最初设计TDPCR是为了降低普通PCR中出现的假阳性 ,因此TDPCR常用于存在假阳性的临床检测。此后Piraee M等人应用并改进了上述技术[3~5]。国内此项技术应用较少,仅见个别报道。万兵等在构建人CDl37hlgGlFcpCDNA3融合蛋白真核表达载体过程中运用TDPCR扩增目的基因[6]。张贵星等人在克隆盐藻D.bardawil的胡萝卜素生物合成相关(carotene biosynthesis related,cbr)基因的启动子过程中,对TDPCR进行了改进[7]。季策等人在建立拟南芥AtSUC9PCR反应体系时运用了TDPCR技术[8] 。

  我们在本次实验中比较了普通PCR 和TDPCR间的特异性差别,并使用了含有抗Taq抗体的Taq酶(即TaKaRa Taq Hs)以期待达到PCR反应的最优化条件。实验结果均表明,在同样的最优化条件下及使用同一模板(1例健康人类外周血基因组DNA)情况下,普通PCR产物中仍出现非特异性二聚体及部分片状拖带,可能导致测序结果出现部分干扰波,TDPCR产物中未见非特异性二聚体及部分片状拖带,目的条带清晰明亮,由此可以证实TDPCR完全可以用于降低或避免由以下原因所致的假阳性:空气中的小片段核酸污染;短序列引物;非特异性扩增带;Tm(变性温度)值具有一定差距的1对引物;复杂的模板DNA,如基因组DNA。同时也说明TDPCR反应的扩增效率及特异性较普通PCR高,基本达到本次实验最高水平。综合比较普通PCR和TDPCR,我们认为前者虽然程序简单,在一般的PCR仪都可完成,但缺点是退火温度不适当时容易出现假阳性;而TDPCR虽然程序复杂,并需要PCR仪有较大的内存,但能非常有效地降低或避免假阳性,且在同样的工作条件(比如最佳Mg2+浓度、Taq酶)可扩增出更高特异性的产物。此次实验证实成功建立TDPCR的方法,仅需应用一套温度程序扩增,既可对VHL基因全部3个外显子进行检测,并能在1 d内完成。本方法的建立为VHL基因的突变筛查分析提供了快速可靠的方法,具有一定的临床研究使用价值。

  【参考文献】

  [1] 周大海,王养民,蓝 天,等.一个单纯家族性嗜铬细胞瘤家系的VHL基因突变筛查[J].中华医学遗传学杂志,2007,24(4):365-368.

  [2] Huang XQ, Cloutier S.Heminested touchdown PCR combined with primertemplate mismatch PCR for rapid isolation and sequencing of low molecular weight glutenin subunit gene family from a hexaploid wheat BAC library[J].BMC Genet. 2007,8:18.

  [3] Piraee M,Vining LC.Use of degenerate primer and touchdown PCR to amplify a halogenase gene fragment from streptomyces venezuelae ISP5230[J].J Ind Microbiol Biotechnol,2002,29(1):1.

  [4] Fietto JL,DeMarco R,VerjovskiAlmeida S.Use of degenerate primers and touchdown PCR for construction of cDNA libraries[J]. Biotechniques,2002,32(6):1404.

  [5] Eldering JA, Felten C, Veilleux CA,et al.Development of a PCR method for mycoplasma testing of Chinese hamster ovary cell cultures used in the manufacture of recombinant therapeutic proteins[J]. Biologicals. 2004,32(4):183-193.

  [6] 万 兵,闫 杰,李明春,等.一种优化的PCR方法—降落PCR扩增目的基因[J].江苏临床医学杂志,2002,6(2):127-1

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