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条纹斑竹鲨基因组的RAPD分析初报 |
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吴冰① 陈元霖 桂慕燕
摘 要 采用11种随机引物对4 条条纹斑竹鲨基因组进行了RAPD检测。结果表明, 11种引物在每条个体上扩增的 DNA片段总数在77～84之间, 单个随机引物扩增的DNA片段数目由1至11条不等，平均为7.5条 DNA 片段, 片段的大小在 300～2 800bp之间。个体之间的相似率在90％以上。
关键词 条纹斑竹鲨, 基因组DNA, RAPD分析
中图分类号 Q953, Q523
Preliminary Report on the Genome RAPD Analysis
of the Chiloscyllium Plagiosum
WU Bing CHEN Yuan-Lin GUI Mu-Yan
(Laboratory of Cell Biology,Xiamen University,Xiamen 361005)
Abstracts 4 individuals of Chiloscyllium plagiosum were analyzed by RAPD method using 11 arbitrary primers. For the 11 arbitrary primers, each individual showed 77～84 bands corresponding to amplified products. Each primer gave 1～11 bands for each individual. On average, about 7.5 bands were obtained per primer per individual. The length of the fragment is 300～2 800 bp. The similarity between band profiles of the four individuals was over 90％.
Key words Chiloscyllium plagiosum,Genome,RAPD
DNA分子的多态性分析是进行基因组研究的基础。1990年, 两个实验室几乎同时建立了运用随机引物扩增寻找多态性DNA片段作为分子标记的方法, 即RAPD(Random amplified polymorphic DNA, 随机扩增多态性DNA)。RAPD技术是在PCR技术的基础上建立起来的, 它是通过利用单一的随机合成的10碱基寡聚核苷酸作为引物, 对基因组进行PCR扩增, 这些扩增产物DNA片段的多态性, 反映了基因组相应区域的DNA 多态性。由于RAPD技术可应用于无任何分子生物学研究基础的物种, 方法简单、快捷、已在动植物育种、 种群遗传学及生物多样性等研究中得到了广泛应用[1.2]。
条纹斑竹鲨(Chiloscyllium plagiosum) 在鱼类分类学中属软骨鱼纲, 是厦门地区常见的一种海洋低等经济鱼类, 有科学研究和食用价值。本文应用RAPD技术对条纹斑竹鲨的遗传多样性进行了初步研究。
1 材料与方法
1.1 基因组DNA提取和纯化
条纹斑竹鲨购自厦门市农贸市场。剖取鲜活条纹斑竹鲨的肝脏, 置玻璃匀浆器中, 加缓冲液(100mmol/L Tris-HCl, pH8.0, 500mmol/L NaCl, 5mmol/L EDTA, 1.25％ SDS)洗涤、剪碎、匀浆, 随后进行氯仿∶异戊醇抽提和乙醇沉淀，经RNA酶和蛋白酶K常规消化处理后, 再用酚∶氯仿∶异戊醇抽提进行纯化，乙醇沉淀，洗涤，干燥后加TE(1mmol/L EDTA, 10mmol/L Tris-HCl, pH8.0) 溶解, -20℃冰箱贮存备用。
1.2 RAPD检测
RAPD扩增引物为美国Operon公司产品，引物的编号及其序列如表1。Taq酶及dNTP为华美生物工程公司产品。PCR 扩增仪为Perkin Elmer Cetus公司产品，型号为PE480。
表1 RAPD扩增引物编号及序列
引物编号 序列(5 ～3 ) 引物编号 序列(5 ～3 )
OPI-01 ACCTGGACAC OPW-15 ACACCGGAAC
OPI-04 CCGCCTAGTC
OPW-16 CAGCCTACCA
OPI-05 T[1] [2] 下一页
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